La presencia de algunas especies catalogadas en el Libro Rojo de los Vertebrados de España como "vulnerables" y como "sensibles a la alteración de su hábitat" en el ámbito de la Comunidad de Madrid (según el Catálogo regional de especies amenazadas. Decreto 18/92 de 26 de marzo), en concreto Avutarda y Aguiluchos pálido y cenizo, significó la creación de esta ZEPA como resultado de la transposición de la directiva comunitaria 79/409/CEE de Conservación de Aves Silvestres.
Esta zona presenta una superficie de 33.092 hectáreas (un 4,1% de la superficie de la Comunidad de Madrid) y acoge la mejor población de Avutarda de Madrid, el 90% de la población madrileña de Aguilucho pálido y una interesante representación de Aguilucho lagunero. Además, es una zona de gran importancia para la alimentación y dispersión juvenil de algunas rapaces en peligro de extinción, como el Águila Imperial Ibérica (Aquila adalberti) y el Buitre Negro (Aegypius monachus).
Este espacio protegido está incluido entre los lugares de importancia comunitaria (LICs) con el nº ES 3110001 espacio "Cuencas de los ríos Jarama y Henares ", aportado, entre otros, por la Comunidad de Madrid para formar parte de " RED NATURA 2000" como Zonas de Especial Conservación ZECs.
Natura 2000 es una red ecológica europea de áreas de conservación de la biodiversidad. Consta de Zonas Especiales de Conservación designadas de acuerdo con la Directiva Hábitat, así como de Zonas de Especial Protección para las Aves establecidas en virtud de la Directiva Aves. Su finalidad es asegurar la supervivencia a largo plazo de las especies y los hábitats más amenazados de Europa, contribuyendo a detener la pérdida de biodiversidad ocasionada por el impacto adverso de las actividades humanas. Es el principal instrumento para la conservación de la naturaleza en la Unión Europea.
Respecto a su desarrollo y nivel de protección, la Directiva Aves pretende crear zonas para la conservación de hábitat de aves silvestres amenazadas, donde se debe evitar la contaminación o el deterioro del hábitat y las perturbaciones que afecten a las aves. En concreto, el artículo 3 señala que los estados miembros deberán "preservar, mantener o restablecer una diversidad y una superficie suficiente de hábitat para todas las especies de aves", lo que supone, como mínimo, crear zonas de protección, mantener y ordenar el hábitat dentro y fuera de estas zonas de protección, restablecer biotopos destruidos y desarrollar otros nuevos.
Estos territorios son las Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPA), donde se han de adoptar las medidas apropiadas para evitar la contaminación o que el deterioro de los habitats y las perturbaciones que afecten a las aves.
La ZEPA está incluida en su totalidad en el LIC (Lugares de Importancia Comunitaria) Cuencas de los Ríos Jarama y Henares, nº ES3110001. Que indica que además de por su fauna, el entorno que comprende merece de especial consideración por su valor paisajístico y ambiental.
La ZEPA Estepas Cerealistas del Rio Jarama y Henares fue declarada como tal en junio de 1992, y la misma incorpora una serie de espacios inventariados como de interés regional aunque no catalogados con figuras de protección.
Estos son algunos de estos espacios :
La ZEPA se distribuye a lo largo de la rampa que conecta la sierra al norte de la Comunidad de Madrid y la fosa fluvial del Tajo al sur. Se encuentra comprendida entre los cauces de los ríos Jarama y Henares .Se caracteriza por un clima mediterráneo semiárido (precipitaciones medias anuales de 350-400mm) y un largo periodo de sequía estival. Presenta un relieve suave con ligera pendiente hacia el suroeste. La vegetación potencial sería la de bosques de galería eutrofos en las vegas y encinares en las cuestas. Se observan importantes manchas seriales de degradación del encinar, debido al excesivo pastoreo en el pasado, dominadas por retamares (Retama sphaerocarpa).
La dominancia de los medios fluviales existentes (Jarama, Henares y Torote) favorece la existencia de amplias terrazas, coluviones, conos de deyección y fondos de valle con depósitos holocénicos y pleistocénicos, propiciando un dominio de materiales del tipo de arenas, limos y gravas poligénicas. Los cantiles asociados a los ríos Jarama y Henares, se caracterizan por su naturaleza caliza en el primer caso y arcillosa en el segundo
Se trata de una zona de especial calidad e importancia para la protección de especies de tipo estepario. Incluye poblaciones numerosas de Otis tarda (avutarda común), Tetrax tetrax (sisón común), Falco naumanni (cernícalo primilla) (cernícalo primilla), Pterocles orientalis (ganga ortega), Circus pygargus (aguilucho cenizo) y Circus cyaneus (aguilucho pálido o gavilán rastrero). Además, resulta de interés para táxones y hábitats asociados a ríos al incluir aves rupícolas como Falco peregrinus (Halcón Peregrino), Pyrrhocorax pyrrhocorax (chova piquirroja), Oenanthe leucura (collalba negra) y varios refugios de Quirópteros y hábitats acuáticos como formaciones de bosques de galería de Salix alba (Sauce Blanco) y Populus alba (Chopo Blanco) y prados de hierbas altas y juncos. El uso dominante del suelo son los cultivos cerealistas, lo cual contribuye al mantenimiento de las poblaciones avifaunísticas de tipo estepario. Los ríos Torote y Jarama aportan poblaciones diversas de fauna piscícola y, en sus formaciones palustres asociadas, ornítica invernante en unas buenas condiciones de conservación. Por último, cabe resaltar las poblaciones de Lutra lutra (Nutrias) en el tramo alto del río Jarama.
Son varios los problemas de conservación ligados a los usos desarrollados en esta ZEPA. Entre ellos cabrían resaltar varios: el furtivismo, la caza excesiva, la alteración del medio ante proyectos de polígonos industriales y grandes vías de comunicación, proliferación de tendidos eléctricos -contra los que mueren por impacto bastantes individuos de Otis tarda (avutarda común), urbanizaciones dispersas y cambios e implantación de prácticas agrícolas agresivas e intensivas, espeleoturismo en las cuevas que constituyen refugios de murciélagos y actividades extractivas de áridos en los ríos, que dañan irreversiblemente las riberas.
En las zonas de ribera son también frecuentes la aparición de escombreras, el uso recreativo en los sotos de forma puntual y el expolio de nidos de Falco peregrinus (Halcón Peregrino). Durante los trabajos de recolección en los cultivos de secano, son frecuentes las pérdidas de polladas de aves al nidificar estas en el suelo y al coincidir las fechas de recolección con las de nidificación.